Prevalence and Diversity among Anaplasma phagocytophilum Strains Originating from Ixodes ricinus Ticks from Northwest Norway
Notice bibliographique
Résumé
The tick-borne pathogen Anaplasma phagocytophilum causes great concern for livestock farmers. Tick-borne Fever is a widespread disease in Norway, and antibodies have been produced amongst sheep, roe deer, red deer, and moose. The main vector Ixodes ricinus is found along the Norwegian coastline as far North as the Arctic Circle. A total number of 1804 I. ricinus ticks were collected and prevalence of the pathogen was determined by species-specific qPCR. The overall infection rate varied from 2.83% to 3,32%, but there were no significant differences (p=0,01)in the overall infection rate in 2010, 2011, or 2012. A multilocus sequencing analysis was performed to further characterise the isolates. The genotyping of 27 strains resulted in classification into 19 different sequences types (ST), none of which was found in the MLST database. The nucleotide diversity was for every locus <0.01, and the number of SNPs was between 1 and 2.8 per 100bp. The majority of SNPs were synonymous. A goeBurst analysis demonstrated that the strains from northwest Norway cluster together With other Norwegian strains in the MLST database and the strains that are included in this study constitute clonal complexes (CC)9, 10, and 11 in addition to the singleton.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».