Allelic variation in gene expression in Populus F₁ hybrids
Notice bibliographique
Résumé
Plant hybridization can induce phenotypic novelty and speciation as well as genome rearrangements and gene expression changes. Populus hybrids provide a good system to study interspecific hybridization and its genetic and molecular consequences. In this project I determined the allelic variation of gene expression in Populus trichocarpa x Populus deltoides F₁ hybrids using a single-base primer extension assay. Among 30 genes analyzed in four independently formed hybrids, 17 showed above 1.5 fold expression biases for the two alleles, and the expression patterns differed between leaves and stems for 9 genes. These results suggest differential regulation of the two parental alleles in the Populus F₁ hybrids. To determine if the allelic expression biases were caused by hybridization I compared the ratios of species-specific transcripts between a hybrid and clones of its parents. Modes of gene regulation were inferred from the hybrid-parent comparisons. C«-regulation was inferred for 6 out of 19 genes. The remaining 13 genes including 1 controlled by trans-regulation and 12 by combined cis- & trans-regulation showed allelic expression ratios in the hybrid that were significantly different from the parental ratios, suggesting an alteration of the regulation network induced by hybridization.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».