ChIP‐Atlas: a data‐mining suite powered by full integration of public ChIP‐seq data
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
We have fully integrated public chromatin chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP‐seq) and DNase‐seq data (n > 70,000) derived from six representative model organisms (human, mouse, rat, fruit fly, nematode, and budding yeast), and have devised a data‐mining platform—designated ChIP‐Atlas (http://chip-atlas.org). ChIP‐Atlas is able to show alignment and peak‐call results for all public ChIP‐seq and DNase‐seq data archived in the NCBI Sequence Read Archive (SRA), which encompasses data derived from GEO, ArrayExpress, DDBJ, ENCODE, Roadmap Epigenomics, and the scientific literature. All peak‐call data are integrated to visualize multiple histone modifications and binding sites of transcriptional regulators (TRs) at given genomic loci. The integrated data can be further analyzed to show TR–gene and TR–TR interactions, as well as to examine enrichment of protein binding for given multiple genomic coordinates or gene names. ChIP‐Atlas is superior to other platforms in terms of data number and functionality for data mining across thousands of ChIP‐seq experiments, and it provides insight into gene regulatory networks and epigenetic mechanisms.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle