NMR Spectral bins, coralline algae metabolomics [dataset]
Notice bibliographique
Résumé
Nuclear Magnetic Resonance (NMR) spectroscopy data of 14 species of crustose coralline red algae and one non-coralline calcareous red alga collected from the Great Barrier Reef, Australia. NMR data generated using the following methodology: Polar extracts were dried using a centrifugal evaporator, and metabolites were reconstituted in 200 µL deuterium oxide (D2O) buffered with phosphate-buffered saline (PBS) and including 0.05% sodium-3-(trimethylsilyl)-2,2,3,3-tetradeuteriopropionate (TSP) as an internal reference. Reconstituted samples were loaded into 3 mm NMR tubes using a glass syringe (Hamilton® Company, Reno, Nevada), and spectra were acquired with an 800 MHz Bruker® Avance III HDX spectrometer equipped with a Triple (TCI) Resonance 5 mm Cryoprobe. Spectra were acquired at 298 K, using the internal reference for field locking (TSP δ 0.00 ppm) and the zg30 pulse program with 0.8 relaxation delay, 8.20 pulse width and a spectral width of 16 kHz using 64 scans. Acquired NMR spectra for each sample were manually phase corrected, baseline adjusted using the ablative algorithm, referenced and normalised to TSP (1H δ 0.00), using MestReNova version 14.2.2 (Mestrelab Research S.L., Spain). Metabolites were identified based on 1H NMR spectra using Chenomx v11 software (Chenomx Inc., Edmonton, Canada) and, where possible, additional annotations were made by cross-referencing against standard compounds in the Human Metabolome Database (HMDB) and Yeast Metabolome Database (YMDB). Context: Data collected to examine the nature of algal metabolites to explore potential relationships with the settlement of coral larvae for applicability in reef restoration projects in the Great Barrier Reef.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,008 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,027 | 0,028 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».