Supporting data for "Extensive nuclear datasets resolve the phylogeny of siphonous green algae and identify genome duplications as a contributing factor to evolutionary adaptations"
Notice bibliographique
Résumé
Summary: The Bryopsidales, a group of siphonous green algae, are of particular evolutionary interest due to their unusual cellular organization and striking morphological and ecological diversity. There are indications for genome duplication, but low taxon sampling has limited our insights of these processes and how they may contribute to these traits. The relationships among certain bryopsidalean lineages remain unresolved, even with chloroplast genome-scale datasets. Nuclear genomes offer promise for resolving phylogenetic uncertainties and pinpoint duplication events, but progress has been hindered by the limited availability of such datasets. Here, we present new nuclear genome data for 44 taxa sampled across the phylogenetic breadth of Bryopsidales, and conduct phylogenomic analyses of 708 nuclear genes with coalescent and concatenation approaches. Our results significantly advance the resolution of Bryopsidales relationships, including confident placement of previously hard-to-resolve lineages like Pseudobryopsis, Ostreobineae and the Halimedineae tribes. We identified many gene duplications across the Bryopsidales tree, including potential whole genome duplications in the Ostreobiaceae and Caulerpaceae that likely facilitated niche adaptations and invasive trait development. Our work presents the most highly resolved phylogeny of Bryopsidales to date and offers an extensive framework for the exploration of the potential roles of genome duplications in their evolutionary success.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,017 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,008 | 0,019 |
| Études des sciences et des technologies | 0,005 | 0,003 |
| Communication savante | 0,005 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,006 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,007 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,573 | 0,162 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».