Documentation of an effective method for undertaking molecular genomics in a mollusc: DNA extraction, microsatellite analysis, RAD-seq, and whole genome sequencing in the Horse mussel (Modiolus modiolus)
Notice bibliographique
Résumé
Molluscs, one of the most diverse and ancient phyla, are globally significant as sources of protein from fisheries and aquaculture. Many species play crucial roles in maintaining ecosystem functions and act as keystone species by engineering biogenic habitats. Despite their ecological and economic importance, molecular genomic studies on molluscs have been limited due to challenges in obtaining quality DNA samples, primarily caused by the co-purification of polyphenolic proteins and mucopolysaccharides. In this report, we document a series of effective methodologies for conducting molecular genomics in the Horse mussel (Modiolus modiolus), a bivalve mollusc known for forming complex benthic structures that enhance biodiversity and provide essential ecosystem services. We provide comprehensive laboratory protocols detailing tissue collection, DNA extraction, purification, and quantification, as well as microsatellite PCR and analysis, and the development and sequencing of restriction site-associated DNA (RAD-seq). Furthermore, we present methodologies and results for de novo whole genome sequencing using both Illumina short-read and benchtop Nanopore long-read technologies. Unmodified manufacturer instructions or standard laboratory procedures are included in full to ensure methodological completeness and facilitate reproducibility We include relevant quality metrics and results for each molecular method. Although these methods may not be universally applicable to all mollusc species, they offer a validated starting point for similar genomic studies. Our findings contribute valuable techniques and insights for advancing molluscan molecular genomic research, thereby facilitating further ecological and evolutionary studies in this critical phylum.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».