A near-complete genome assembly for northern wild rice (Zizania palustris L.)
Notice bibliographique
Résumé
Northern wild rice (NWR; Zizania palustris L.), an annual aquatic plant in the Poaceae family, has high economic importance due to its nutrient-rich grains. However, the existing NWR genome assembly for this species has severe fragmentation and incomplete gene representation. A near-complete genome was assembled in this study to provide a high-quality genomic reference for NWR-associated research. The assembled genome exhibited a total contig length of 1.41 Gb and a contig N50 of 109.22 Mb. Overall, a 73.60% repetitive sequence content was identified and 47,804 genes predicted. Phylogenetic analysis indicated that Z. palustris was most closely related to Zizania latifolia , with an estimated divergence time of 4.57–8.15 Mya. Meanwhile, Z. palustris underwent a recent, species-specific long terminal repeat (LTR) expansion, associated with its larger genome size. We identified two genomic blocks in the Z. palustris and Z. latifolia genomes that exhibit strong synteny with the rice phytocassane biosynthetic gene cluster. The centromeric satellite repeats in Z. palustris identified in this study primarily comprised a 145 bp repetitive unit. The findings also revealed centromere homogenisation and rearrangement accompanied by LTR invasion in NWR. Among the genes missing in the previous NWR genome, we observed LTR insertion events that resulted in expanded gene lengths in our updated NWR genome. The present updated NWR genome provides a valuable resource for crop genetic improvement, functional gene discovery, and research on critical biological processes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».