RT-qPCR mosquito arbovirus screening results, 2017-2021, South Nation River watershed
Notice bibliographique
Résumé
Pool-by-pool RT-qPCR mosquito arbovirus screening results (.xlsx), 2017-2021, South Nation River watershed. Viruses tested include: California serogroup viruses (CSGv), West Nile virus (WNv), eastern equine encephelitis virus (EEEv), and Cache Valley virus (CVv). Includes a sheet with column descriptions. Methods Between 2017 and 2021 (excluding 2020 due to COVID-19), mosquitoes were collected across semi-urban and rural habitats of the South Nation River watershed, eastern Ontario. Pools of 1–50 females per species (≤3 pools, max. 150 individuals) were tested, with some Ceratopogonidae also included. Samples from 2017–2019 were homogenized at the National Microbiology Laboratory (NML) as described in Avramov et al. (1) and RNA-extracted with the QIAamp Viral Mini Kit (QIAGEN™) with minor modifications (2). In 2021, homogenization was performed at Carleton University under the same conditions (1), with RNA extraction by high-throughput phenol–chloroform (1). RT-qPCR screening for CSGv used Wang et al.’s primers/probes (3,4) at NML (2017–2018) and Carleton (2019, 2021). WNv and EEEv were screened at NML (2017–2019) and Carleton (2021) with validated primers/probes (5,6). CVv was screened only at NML in 2017–2018 using Wang et al. (3). Virus-positive pools processed at Carleton underwent RNA re-extraction with the QIAamp Viral Mini Kit, followed by replicate RT-qPCR; Cq < 38 in both replicates defined a positive. All procedures followed institutional biosafety standards. References Avramov M, Gallo V, Gross A, Lapen DR, Ludwig A, Cullingham CI. A cost-effective RNA extraction and RT-qPCR approach to detect California serogroup viruses from pooled mosquito samples. Sci Rep. 2024 Jan 29;14(1):2339. Villeneuve CA, Buhler KJ, Iranpour M, Avard E, Dibernardo A, Fenton H, et al. New records of California serogroup viruses in Aedes mosquitoes and first detection in simulioidae flies from Northern Canada and Alaska. Polar Biol. 2021 Sep 1;44(9):1911–5. Wang H, Nattanmai S, Kramer LD, Bernard KA, Tavakoli NP. A duplex real-time reverse transcriptase polymerase chain reaction assay for the detection of California serogroup and Cache Valley viruses. Diagn Microbiol Infect Dis. 2009 Oct 1;65(2):150–7. Buhler KJ, Dibernardo A, Pilfold NW, Harms NJ, Fenton H, Carriere S, et al. Widespread Exposure to Mosquitoborne California Serogroup Viruses in Caribou, Arctic Fox, Red Fox, and Polar Bears, Canada. Emerg Infect Dis. 2023 Jan;29(1):54–63. Lanciotti RS, Kerst AJ, Nasci RS, Godsey MS, Mitchell CJ, Savage HM, et al. Rapid Detection of West Nile Virus from Human Clinical Specimens, Field-Collected Mosquitoes, and Avian Samples by a TaqMan Reverse Transcriptase-PCR Assay. J Clin Microbiol. 2000 Nov;38(11):4066–71. Lambert AJ, Martin DA, Lanciotti RS. Detection of North American Eastern and Western Equine Encephalitis Viruses by Nucleic Acid Amplification Assays. J Clin Microbiol. 2003 Jan;41(1):379–85.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,061 | 0,028 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».