On The Crosstalk of Circadian Rhythm and Th17 cells: An Integrated Biological Regulatory Pathway
Notice bibliographique
Résumé
Th 17 cells play a pivotal role in cell-mediated immunity and also have implications for autoimmune disorders. The interplay between the circadian rhythm and the immune system has driven interest in developing novel therapies. Th17 cells have a robust relationship with the circadian rhythm through clock-controlled genes such as NFIL3 (E4BP4), RORA, RORB, NR3C1,and RORC. The purpose of this study is to construct a literature-curatedupdated biological regulatory network (BRN) of the molecular regulators of circadian rhythm and CD4+ Th17 cells. The integrated BRN will provide a holistic view of the differentiation process of Th17 cells from a circadian rhythm perspective, which will enhance our understanding of the interplay between the two systems. We aim to perform formal modelling and analysis of this BRN using our previously developed approaches to gain system-wide insights into various molecular expression dynamics and identify the significance of biological clocks in immunity in the future. In addition, biological pathway databases are an integral part of omics analytical workflows, and their continuous updates with the latest knowledge are crucial for gaining biological insights from such studies. Therefore, with this additional objective, we have also uploaded this pathway to WikiPathways (Database),to facilitate its use in future studies, which can be accessed via the following URL: https://classic.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP5130. To our knowledge, this is the first study to report a literature-curated pathway of comprehensive regulatory interactions and crosstalk between Th17 cell differentiation and circadian genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».