Genomic Investigation of Tick Paralysis in Dermacentor andersoni within Western Canada
Notice bibliographique
Résumé
Tick paralysis is a neurological condition caused by the bite of a tick and is characterized by various symptoms including ascending paralysis and muscle weakness. In Western North America, the Rocky Mountain wood tick, Dermacentor andersoni Stiles is responsible for most tick paralysis cases. The distribution of the tick extends from the prairies of central North America west of the Rocky Mountains. In Western Canada, there are established populations of D. andersoni found in Saskatchewan, Alberta, and British Columbia. Dermacentor andersoni found in Alberta and Saskatchewan do not induce paralysis, but ticks found in British Columbia typically do. Past research has confirmed that populations of this tick differ in their paralytic ability, with ticks found in montane regions of British Columbia able to cause paralysis, but those elsewhere in Western Canada are unable to. Previous genetic crosses from these populations established a genetic basis for tick paralysis and showed hybrid offspring also cause paralysis, but the genomic basis of paralysis is unknown. This thesis presents a pilot study on the first ever genome-wide association study done (GWAS) done on D. andersoni. This study has three aims: (i) Investigate the factors that influence coverage variability in a low-coverage, whole-genome sequencing study. (ii) Perform a GWAS to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with tick paralysis. (iii) Identify candidate genes near statistically significant SNPs associated with tick paralysis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».