Additional file 1 of Unveiling molecular mechanisms and candidate genes for goss’s bacterial wilt and leaf blight resistance in corn through RNA-Seq analysis
Notice bibliographique
Résumé
Supplementary Material 1: Supplementary File 1, This Excel file contains eight sheets related to the transcriptomic analysis of gene expression in resistant and susceptible corn lines under different treatments with Clavibacter nebraskensis. Sheet 1 – Supplementary Table S1: Summary of the number of upregulated and downregulated genes identified in each of the six focal treatment comparisons using DESeq2. DEGs were defined based on an adjusted p-value (FDR) < 0.1 and an absolute log2 fold change >1.5. Sheet 2 – FPKM_allsamples: Normalized gene expression data (FPKM values) for all genes across the 18 RNA-seq samples, used as input for downstream analyses such as clustering and visualization. Sheets 3 –8– Full DEG Lists for Six Pairwise Comparisons. Each sheet provides the complete list of differentially expressed genes for one of the six treatment comparisons, including gene IDs, log2 fold changes, and adjusted p-values. The six comparisons are as follows: Sheet 3: 447BACT vs 447CTL, Sheet 4: 450BACT vs 450CTL, Sheet 5: 447DOAB vs 447CTL, Sheet 6: 450DOAB vs 450CTL, Sheet 7: 450DOAB vs 447DOAB and sheet 8: 450BACT vs 447BACT.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,742 | 0,179 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».