Cell Type-Specific Remodelling of the Rat Hippocampus by Parity and Age
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background The hippocampus undergoes extensive cellular remodelling throughout life. Parity, the experience of pregnancy and motherhood, triggers profound hormonal changes which modulate brain plasticity in the short and long term. Signatures of past parity are seen in the middle-aged hippocampus in humans and rodents, but how parity shapes cellular composition long-term after pregnancy have not been systematically examined using quantitative, cell-type-specific approaches. Methods We performed cell type deconvolution on bulk RNA-sequencing data from female rat hippocampus, comparing nulliparous and parous females across age (7 or 13 months either 30 days or 7 months after parturition). We harmonized 349 cell type annotations from three single-cell reference datasets into 27 biologically coherent categories using female-only data. Three-way ANOVA identified independent and interactive effects, while complementary analyses (random forest, PCA, DESeq2) identified parity-associated transcriptional signatures. Cell-specific functional enrichment employed weighted gene set meta-analysis across multiple pathway databases. Results Age emerged as the dominant factor, significantly altering six cell types, particularly somatostatin (SST) and parvalbumin/Vip interneurons. Regional effects (dorsal and ventral hippocampus) affected nine cell types, while age x region interactions identified two cell types. Parity independently affected three populations: dorsal CA3 pyramidal neurons, SST interneurons, and astrocytes. Cell-type-specific pathway analysis revealed distinct mechanisms including protein degradation in CA3 neurons, stress-response regulation in astrocytes, and disrupted GPCR/signalling-receptor programs in SST interneurons. Conclusions Our study shows that parity selectively remodels hippocampal cellular architecture through distinct, cell-type-specific molecular programs operating independently of age and region, establishing parity as a critical biological variable in aging research.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».