T-cell receptor repertoires of wild mice
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Notice bibliographique
Résumé
This data repository hosts the repertoires of the mice investigated in the study: The T-cell receptor repertoire of wild mice. Study Abstract: Here we characterize the T-cell receptor (TCR) repertoire of wild mice to provide a resource for eco-immunology and to better understand wild animals’ immune state. While laboratory mice are central to immunological research, their immune systems differ significantly from those of their wild counterparts who are exposed to more intense immunological stimulation from a broader range of infections. We performed high-throughput sequencing of the TCR alpha and beta chains of CD4+ and CD8+ T-cells isolated from 65 wild Mus musculus domesticus captured at two UK sites. We analysed repertoire richness and diversity in relation to mouse age, sex, and sample location. The results show that wild mice have large TCR repertoires. We found that repertoire richness, which measures the breadth of the repertoire, was not significantly affected by mouse age or sex, suggesting that wild mice maintain the capacity to respond to novel antigens throughout their lives. In contrast, repertoire diversity (measured by Shannon’s index) was significantly higher in males than females and decreased with age. This low diversity, coupled with constant richness, points to female and older mice having comparatively more highly abundant clones in their repertoires, likely because of chronic exposure to persistent pathogens in their environment. Individual mice shared a considerable number of TCR sequences, with greater sharing observed between mice from the same location, suggesting that local environmental pressures shape the TCR repertoire. These findings provide a novel and valuable description of the wild mouse TCR, revealing an immune system that balances maintaining a broad response capacity with developing strong, lasting responses to infections in the natural environment.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle