Paléomicrobiologie : utilisation de l'ADN fossile des sites archéologiques du musée de Pointe-à-Callière comme marqueur d'événements historiques
Notice bibliographique
Résumé
Les microorganismes des trois domaines du vivant, Eucaryotes, Bactéries et Archées, sont composés d’ADN, qui porte l’information génétique, et d’ARN (messagers, ribosomiques, etc.…). L’ADN étant plus stable que l’ARN, lorsqu’un microorganisme meurt, l’ARN se lyse alors plus rapidement que l’ADN qui peut quant à lui persister dans l’environnement et, sous certaines conditions, se fossiliser. Nous savons que les microorganismes évoluent et se développent en fonction du milieu dans lequel ils se trouvent, ils peuvent donc nous permettre de retracer l’histoire d’un site archéologique comme celui qui date de la fondation de la ville de Montréal ainsi que les évènements qui l’ont précédé (occupations des peuples autochtones, changements environnementaux, etc…). En récoltant des carottes de sol sur trois sites historiques du musée de Pointe-à-Callière, nous aurons les périodes les plus récentes en surface, tandis que les périodes datant de plusieurs milliers d’années seront retrouvées au plus profond. En étudiant les microorganismes de chaque strate, nous pourrons associer certains taxons aux différentes époques, et donc à différents évènements. Cela nous permettra ensuite de comparer nos résultats avec ceux des historiens quant aux activités associées aux lieux et de voir s’il est possible d'utiliser la paléomicrobiologie comme méthode pour compléter les études archéologiques. _____________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : écologie microbienne, séquençage MiSeq-Illumina, bio-informatique, communautés microbiennes, rétrotranscription
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,003 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».