Associations of Rare Variants in the AKAP11 Gene with Bipolar Disorder in Chinese Population
Notice bibliographique
Résumé
Yankai Zhang, Chunhui Qu, Tingting Wang, Xiangwen Wang, Shunkang Feng, Ping Sun Department of Mood Disorders, Qingdao Mental Health Center, Qingdao, Shandong, People’s Republic of ChinaCorrespondence: Ping Sun, Department of Mood Disorders, Qingdao Mental Health Center, Qingdao, 266000, People’s Republic of China, Tel +86 13589394393, Email qdsunping99@sina.comPurpose: This pioneering study aimed to explore the associations between the A-kinase anchoring protein 11 (AKAP11) gene and bipolar disorder (BD) in a Chinese population. We sought to replicate findings from European populations regarding ultra-rare protein-truncating variants (PTVs) within exon 8 of AKAP11 and identify any novel rare mutations linked to Chinese BD patients.Methods: We conducted a case-control association study, including a cohort of 284 Chinese BD patients, with the control group comprising 10,588 individuals from the China Metabolic Analytics Project (ChinaMAP) database. Polymerase chain reaction (PCR) amplification and Sanger sequencing were performed to analyze exon 8 of the AKAP11 gene. Statistical analysis involved chi-square tests on VassarStats to assess allele frequency differences between BD patients and the control group, along with power analysis using PASS (version 21.0.3).Results: In 284 Chinese BD patients, within exon 8 of the AKAP11 gene we did not find any ultra-rare PTVs previously identified in European BD patients. However, five additional rare variants were discovered, including three missense variants and two synonymous variants. Notably, rs2236364 showed concordant deleterious predictions across four computational tools, warranting prioritized investigation. Statistical analysis revealed no significant difference in allele frequencies between groups (P= 0.240), although a slightly higher proportion of rare variants was observed in cases versus controls. Additionally, three variants were not documented in the Bipolar Exomes Browser (BipEx) database, the frequencies of the other two were mildly lower in cases than controls, contrary to the trend observed in the Chinese population. The observed difference may be due to population genetic-environmental interaction.Conclusion: In this pioneering Chinese population study of BD-AKAP11, we did not replicate the association of ultra-rare PTVs but identified five additional rare variants. Population-specific distribution patterns—exemplified by rs2236364 with computationally deleterious predictions—warrant validation in expanded cohorts to elucidate trans-ethnic risk mechanisms.Keywords: bipolar disorder, AKAP11, East Asian People, rare mutation, case-control studies
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».