lichengxue/MSE_NAA_Project: CJFAS-MSE-NAA
Notice bibliographique
Résumé
Random effects on numbers-at-age transitions implicitly account for movement dynamics and improve stock assessment and management This repository contains all materials (manuscript, code, and archived packages) for the paper: Li, C., Deroba, J. J., Berger, A. M., Goethel, D. R., Langseth, B. J., Schueller, A. M., & Miller, T. J. (2025). Random effects on numbers-at-age transitions implicitly account for movement dynamics and improve stock assessment and management. Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences. Release v1.1 This release corresponds to the final accepted version of the manuscript. It includes: Manuscript source and compiled PDF All figures, tables, and supplementary materials Full R/TMB code to reproduce analyses Archived WHAM and whamMSE package versions used in simulations Response-to-reviewers letter and revision documents Repository structure Code-CJFAS/ — Main R and TMB scripts used to run simulations, estimation models, and generate manuscript figures Final/ — Final accepted manuscript (PDF / Rmd) and associated figures and tables Revision/ — Revised manuscript files and response-to-reviewers materials wham-CJFAS/wham/ — Archived WHAM package version used for simulations (backup only) whamMSE-CJFAS/whamMSE/ — Archived whamMSE package version used for simulations (backup only) README.md — Repository overview and instructions LICENSE — License for code use Getting started Clone the repository: git clone https://github.com/lichengxue/MSE_NAA_Project.git cd MSE_NAA_Project
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,008 | 0,031 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,008 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,007 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,573 | 0,480 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».