A genome-wide investigation of insidious uveitis in Appaloosa horses
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Equine recurrent uveitis (ERU), an inflammatory eye disease, is the leading cause of blindness among horses. Insidious uveitis, a form of ERU, is especially pervasive within the Appaloosa breed and is highly heritable (h2 = 0.68-1.0). To date only one risk locus, leopard complex (LP), has been identified, and it explained 0.16–0.33 of the heritability estimate, suggesting that insidious uveitis is a complex genetic disease within the Appaloosa horse breed with multiple unknown predisposing loci. Results A genome-wide association study (GWAS) using relatedness, LP genotype, sex, and age as covariates was performed on a sample of 96 Appaloosas (36 cases and 60 controls) and identified a 9.7 Kb region of association on ECA X (chrX:14528106–14537812) as significantly associated (P = 2.11 × 10−8). Sex stratification followed by meta-analysis provided additional support for the association on ECA X (P = 1.35 × 10−8). A logistic regression model was performed to test for epistasis between LP and the locus on ECA X, and the results did not support an interaction between the two loci. In the second phase of the study, single-nucleotide variants (SNVs) were identified in the region on ECA X by whole genome sequencing (WGS) of 18 horses from the GWAS (9 cases and 9 controls). Five reference markers from the GWAS, two previously associated coat color loci (LP and PATN1), and 102 SNVs were further evaluated in a combined dataset of 157 horses (70 cases and 87 controls, including the original 96 horses from the GWAS). Using logistic regression, none of the SNVs identified from the WGS analysis were significantly associated with phenotype; however, LP and the top three SNP markers from ECA X (ECA X: 14.5 Mb) were significantly associated in the larger dataset (PLP = 2.34 × 10−6 and PX = 4.06 × 10−5). Conclusion In addition to the LP locus, our investigation identified a locus on chromosome X with a significant association to insidious uveitis in Appaloosas. Replication testing in an independent cohort is necessary to determine if this locus is indeed a causal risk locus.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».