Comparison of <scp>DNA</scp> Extraction Methods for Detecting the Sea Otter ( <scp> <i>Enhydra lutris</i> </scp> ) in Marine Sediments
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Environmental DNA (eDNA) preserved in sediments (sed‐eDNA) holds promise for improving our understanding of historical species occurrences and contemporary biomonitoring. However, uneven DNA distribution, DNA fragmentation, and polymerase chain reaction (PCR) inhibition present challenges to species detection. Herein, we evaluate the efficacy of sed‐eDNA methods to detect the presence of a patchily distributed marine mammal in a coastal marine ecosystem. We developed a targeted quantitative PCR (qPCR)‐based assay for the detection of sea otter ( Enhydra lutris ) DNA. This assay successfully amplified target DNA from aquaria occupied by sea otters and from two of eight seawater samples from areas where sea otters are often present. Additionally, we conducted an experiment to examine the utility of our assay in detecting sea otter DNA in sediment. We compared four sed‐eDNA extraction techniques and two DNA cleaning protocols in surface sediment samples taken from areas with varying sea otter occupancy. To test for DNA extraction efficiency, we used fish and chloroplast as endogenous controls. DNA quantity varied between the different extraction protocols and between the different DNA sample types. Sea otter DNA was detected at lower yields than expected, considering the presence of sea otters at the sampled sites. Furthermore, sediment cleaning protocols further reduced sed‐eDNA yield. Among the extraction methods tested, the Qiagen Powersoil Pro kit was most effective, yielding higher rates of target species detection with smaller input sediment amounts and no need for cleaning to remove PCR inhibitors. The present study lays the groundwork for large‐scale monitoring of marine mammals using sed‐eDNA and advances the use of sed‐eDNA detection as a valuable tool for reconstructing the temporal and spatial patterns of marine mammal presence. Importantly, we identify the need for a better understanding of the effects of marine sediment composition, mammal eDNA shedding rates, and DNA fragment size on detecting target sed‐eDNA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».