Additional file 1 of High IL1R1 expression predicts poor survival and benefit from stem cell transplant in intermediate-risk acute myeloid leukemia from the Leucegene cohort
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1. Supplementary methods. Table S1 Treatments received by patients in the Leucegene cohort. Table S2 Clinical outcomes according to IL1R1 expression. Table S3 Multivariable analyses for OS and RFS without censoring at time of HSCT in CR1. Table S4 Characteristics of patients according to HSCT status. Table S5 Clinical outcomes post-HSCT according to IL1R1 expression. Table S6 C-index in MVA including ELN 2022 and IL1R1 expression as covariable. Table S7 Primers and probes for the IL1R1 RT-qPCR test. Table S8 Analytical validation performance specifications for the IL1R1 RT-qPCR test. Table S9 Prognostic analyses of genes involved in the IL1 signaling pathway and other related genes. Fig. S1 Identification of IL1R1 expression as a prognostic and predictive biomarker. Fig. S2 Identification of the optimal cutoff value for dichotomization of IL1R1 expression. Fig. S3 Benefit from HSCT in CR1 for overall survival using different cutoffs for IL1R1 expression. Fig. S4 Expression of IL1R1 according to the type of sample sequenced and myelomonocytic differentiation of the AML. Fig. S5 Cumulative incidence of death in remission according to IL1R1 expression. Fig. S6 Prognostic impact of IL1R1 expression according to the type of sample sequenced and the sequencing cohort. Fig. S7 Prognostic impact of IL1R1 expression according to NPM1 or FLT3-ITD mutational status. Fig. S8 Prognostic impact of IL1R1 expression according to age. Fig. S9 Prognostic impact of IL1R1 expression according to 2022 ELN risk classification. Fig S10 Prognostic impact of IL1R1 with a higher cutoff value in patients with ELN 2022 favorable-risk AML. Fig. S11 Benefit from HSCT in CR1 for RFS in clinicopathological subgroups of patients. Fig. S12 Impact of HSCT in CR1 on survival outcomes according to NPM1 mutational status and IL1R1 expression in patients FLT3-ITD negative. Fig. S13 Correlation between IL1R1 expression quantification by the RT-qPCR test and RNA sequencing and clinical validation of the IL1R1 RT-qPCR test in the Leucegene cohort. Fig. S14 Additional Gene Set Enrichment Analyses between patients with high and low expression of IL1R1. Fig. S15 Analysis of IL1R1 expression in normal blood and bone marrow populations and in acute leukemias sequenced in the Leucegene project. Fig. S16 Single-cell RNA sequencing of normal bone marrow and AML specimens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,027 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,750 | 0,068 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».