www.mdpi.com/journal/ijms Difference in TRI13 Gene Sequences between the 3-Acetyldeoxynivalenol Producing Fusarium graminearum
Notice bibliographique
Résumé
Abstract: Positive-negative PCR assays based on the genes involved in the trichothecene biosynthesis pathway are useful in assessing the risk of trichothecene contamination in grain and are important in epidemiological studies. A single PCR detection method based on the structural gene sequence of TRI13 gene has been developed to predict the 3-ADON, 15-ADON and NIV chemotypes in China. The chemotypic differences are based on the deletions within the TRI13 gene. The objective of this study was to assess the reliability of using this single primer based on the TRI13 gene to differentiate the F. graminearum chemotypes in Canada. In this study, we found that, this single PCR detection method based on the deletions in the TRI13 gene cannot be used to differentiate the 3-ADON and 15-ADON chemotypes in the Canadian F. graminearum isolates; further sequence analysis of the PCR products confirmed that both Canadian 3-ADON and 15-ADON chemotypes have the 61 bp deletion in the TRI13 gene. This 61 bp deletion was absent in the Chinese 3-ADON isolates. Therefore these findings revealed that there are genetic differences between the examined 3-ADON F. graminearum isolates from Canada and China. The observed genetic differences between the 3-ADON chemotype populationsInt. J. Mol. Sci. 2011, 12 6165
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,011 | 0,006 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».