DISPATCHES Genomic Analysis of emm59 Group A Streptococcus
Notice bibliographique
Résumé
Genomic analysis of type emm59 group A Streptococcus invasive strains isolated in the United States discovered higher than anticipated genetic heterogeneity among strains and identifi ed a heretofore unrecognized monoclonal cluster of invasive infections in the San Francisco Bay area. Heightened monitoring for a potential shift in the epidemic behavior of emm59 group A Streptococcus is warranted. Group A Streptococcus (GAS) causes human diseases ranging in severity from uncomplicated pharyngitis to life-threatening necrotizing fasciitis (1). GAS strains have traditionally been classified based on a serologic reaction against the M protein, a polymorphic cell surface adhesin and anti-phagocytic factor; GAS strains are currently typed by sequencing the 5 ′ hypervariable region of the emm gene, encoding M protein (2–4). Studies of large numbers of GAS isolates causing invasive infections and pharyngitis worldwide have shown that type emm59 GAS strains rarely cause disease (5,6). However, an increase in the frequency and severity of invasive infections caused by type emm59 strains (>500 cases since 2006) has been reported recently in Canada (7). One of the most striking features of the emm59 epidemic in Canada was its rapid spread; invasive emm59 disease was reported in most Canadian provinces and territories in a matter of only a few years (7). By using whole-genome sequencing and animal models of invasive disease, we recently discovered that virtually all type emm59 GAS invasive cases in Canada were caused by a single, recently emerged, hypervirulent emm59 clone (8). Whole-genome sequence analysis also revealed distinct spatiotemporal patterns of subclone diversification of the epidemic clone in Canada (8). Furthermore, we discovered that several geographically clustered cases of type
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».