RESEARCH ARTICLE Genic SSRs for European and North American hop (Humulus lupulus L.)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Eight genic SSR loci were evaluated for genetic diversity assessment and genotype identifica-tion in Humulus lupulus L. from Europe and North America. Genetic diversity, as measured by three diversity indices, was significantly lower in European cultivars than in North American wild accessions. Neighbor Joining cluster analysis separated the hop genotypes into European and North American groups. These eight SSRs were useful in uniquely identifying each accession with the exception of two sets of European landraces and a pair of Japanese cultivars, ‘Shinshuwase ’ and ‘Kirin II’. An accession from Manitoba grouped with the European (EU) cluster reflecting the group’s genetic similarity to older Manitoba germplasm used to develop ‘Brewer’s Gold ’ and the gene pool arising from this cultivar. Cultivars grouped closely with one of their immediate parents. ‘Perle ’ grouped with its parent ‘Northern Brewer and ‘Willamette ’ grouped with its parent ‘Fuggle H’. Wild American accessions were divided into two subgroups: a North Central group containing mostly H. lupulus var. lupuloides and a Southwestern group containing H. lupulus var. neo-mexicanus accessions. These eight SSRs will be valuable for genotype identification in European and wild American germplasm and may potentially prove useful for marker-assisted selection in hop. PCR products from four previously reported primer pairs that amplify the same intronic SSR regions as do the genic SSRs in this study were compared in eight common cultivars. Different primer pairs generated robust markers at the chs2 and chi loci. However, only the HLC-004B and HLC-006 primer pairs amplified successfully at the chs3 and chs4 loci.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».