1 Multilocus Sequence Typing Analysis of Clostridium perfringens 1 Isolates from Necrotic Enteritis Outbreaks in Broiler Chickens 2 Running Title: MLST Analysis of Clostridium perfringens from Chickens 3
Notice bibliographique
Résumé
2 ABSTRACT 18 Clostridium perfringens is an important pathogen of animals and humans, and is 19 the causative agent of necrotic enteritis (NE) in poultry. This study focuses on the typing 20 of intestinal C. perfringens isolates (n = 61) from outbreaks of NE collected from several 21 areas of Southern Ontario, using a recently developed multilocus sequence typing 22 (MLST) technique. As a comparison, C. perfringens isolates from healthy birds were 23 also obtained and typed. An additional locus, pfoS, was included in our analysis, in an 24 attempt to increase the discriminatory ability of the method previously published. Birds 25 were collected from two major poultry processors in Canada, and isolates from Processor 26 2 formed a distinct MLST cluster. Isolates from healthy birds also collected from the 27 outbreak flocks clustered together with the NE birds. Although isolates from eight 28 outbreaks clustered together, MLST types were also occasionally different between 29 outbreaks. Strong linkage disequilibrium was observed between loci, suggesting a clonal 30
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».