A New Holstein Haplotype Affecting Calf Survival
Notice bibliographique
Résumé
In recent years, the availability of phenotypic records and genomic data for cattle and the application of genomic tools revealed haplotypes affecting fertility and prenatal death. This study reports the identification of a new haplotype associated with calf survival in the Holstein population. Several calves from specific mating initially showed unspecific symptoms like chronic diarrhea and insufficient development. Affected animals died within the first months of life despite of symptomatic treatment. A genome-wide case-control-study based on 54K SNP Chip genotypes determined a causal region at BTA 11. Subsequent homozygosity mapping identified a haplotype affecting calf mortality in the homozygous state. Blood chemical analysis of affected calves revealed pronounced hypocholesterolemia indicating a disorder of the fat metabolism. Heterozygous animals without clinical manifestations show decreased levels of blood cholesterol suggesting a codominant inheritance for this genetic defect. Pedigree analyses revealed a prominent Canadian Holstein bull; MAUGHLIN STORM, as a carrier for this disorder. The widespread use of this bull and of its sons in the breeding program lead to a strong increase of the haplotype frequency in the German Holstein population within the last years. The occurrence of an identical healthy haplotype and the presence of several gaps within the bovine genome complicate the identification of a concordant variant.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».