Supplemental Data Assembly and Channel Opening in a Bacterial Drug Efflux Machine
Notice bibliographique
Résumé
A putative chloride binding site in TolC. The C2 structure, viewed at the junction of the transmembrane and helical subdomains. The purple dotted sphere indicates a putative chloride that interacts with the exposed amide groups at the end of the α-helix. A water molecule is also found in the pocket (yellow dotted sphere) supported by interaction with a histidine imidazole. The mesh represents the 2Fo-Fc electron density map contoured at 1σ. Similar density in the corresponding position is observed in the P212121 form. Anion binding is likely to serve purely a structural role and appears to be a unique feature of the TolC channel, not present in the crystal structure of the homologous VceC and OprM outer membrane proteins. 1 Figure S2 Asymmetry of the TolC open state. Opening and asymmetry of the periplasmic end of the TolC channel as observed in the available crystal structures. The subunit non-equivalence in the crystal structure is most clearly seen in the inter-protomer distances. The outer rim of the TolC channel as defined by G365 is opening up in both novel crystal forms as compared with the closed state. The displacement of this residue also indicates clearly the asymmetric opening of the channel. 2 Figure S3 A docking model of the interaction of the AcrA hairpn (yellow) with TolC C2 structure. The residues highlighted in red include K383 and R390 from TolC and D149 from AcrA. The numbering of AcrA is according to the full-length sequence of the protein as represented in the 2F1M PDB entry. 3 Protein purification C41(DE3) and C43(DE3) cells were grown in 2xYT media at 37°C, induced at OD600 of roughly 0.6, and then were grown for 12 hours at 24 o C. Cells were harvested in lysis buffer (20 mM Tris-Cl pH 8.0, 150 mM NaCl, 20 mM MgCl2, complete EDTA free proteinase inhibitor cocktail (Roche), supplemented with DNase I and lysozyme), lysed using an Emulsiflex C5 cell homogenizer (Avestin, Canada) and cell pellet removed by centrifugation at 10,000 x g. The membrane fraction from the supernatant was pelleted by centrifugation at 100,000 x g for 3 hours. The membranes were
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,000 |
| Communication savante | 0,004 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,006 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,419 | 0,148 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».