RESEARCH ARTICLE Genetic Characterization of H1N1 and H1N2 Influenza A Viruses Circulating in Ontario Pigs in 2012
Notice bibliographique
Résumé
The objective of this study was to characterize H1N1 and H1N2 influenza A virus isolates detected during outbreaks of respiratory disease in pig herds in Ontario (Canada) in 2012. Six influenza viruses were included in analysis using full genome sequencing based on the 454 platform. In five H1N1 isolates, all eight segments were genetically related to 2009 pan-demic virus (A(H1N1)pdm09). One H1N2 isolate had hemagglutinin (HA), polymerase A (PA) and non-structural (NS) genes closely related to A(H1N1)pdm09, and neuraminidase (NA), matrix (M), polymerase B1 (PB1), polymerase B2 (PB2), and nucleoprotein (NP) genes originating from a triple-reassortant H3N2 virus (tr H3N2). The HA gene of five On-tario H1 isolates exhibited high identity of 99 % with the human A(H1N1)pdm09 [A/Mexico/ InDRE4487/09] from Mexico, while one Ontario H1N1 isolate had only 96.9 % identity with this Mexican virus. Each of the five Ontario H1N1 viruses had between one and four amino acid (aa) changes within five antigenic sites, while one Ontario H1N2 virus had two aa changes within two antigenic sites. Such aa changes in antigenic sites could have an effect on antibody recognition and ultimately have implications for immunization practices. Ac-cording to aa sequence analysis of the M2 protein, Ontario H1N1 and H1N2 viruses can be expected to offer resistance to adamantane derivatives, but not to neuraminidase inhibitors.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».