Notice bibliographique
Résumé
thank you very much for inviting me. It is great to be here in Prague. It is my first visit to Prague. And I must say I am enjoying the city. Slide # 1: Topic introduction What I am going to talk about is a new concept called the “metagenome.” As we understand more about the human genome and the pathogenic genomes we are starting to understand more about how the various pathogens — be they Chlamydia, Mycobacteria, and Mycoplasma — how the various pathogens interact with our own genome in order to cause disease. And so my title is based on “Infectious Disease transitions to an understanding of the Metagenome.” Slide # 2: In vivo, in vitro, in silico There are three types of biology that are pretty common these days. The first type, in vivo, of course, in animal or human models. In vitro is where a lot of the work on antibiotics is being done; in cell culture, in the lab. In silico is very new. The first time I came across in silico was at this gathering here in Toronto back in 1981. Human insulin had just been synthesized using mathematical formulae, using the IBM supercomputer that could simulate the insulin molecule at the level of the mathematics. And that [in silico] is really what I have been doing over the last decade. Slide # 3: The NIH Human Microbiome Project There is a new push going on at the moment. The NIH in the USA has started the Microbiome Project. The goal of the Microbiome Project is to characterize all of the places in the human body where genomes, other than the human genome, are also present. And NIH has estimated that about 10 % of the cells in the body are human cells, and about 90 % of the cells in a normal healthy individual’s body are bacterial cells. Now, remember that bacteria cells are very, very small. And in most cases the bacterial cells — many, many hundreds of bacterial cells — can live within infected human cells. But we are starting to get to an understanding now that the It is time to bury Koch — Infectious disease transitions to an understanding of the
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,015 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,001 |
| Communication savante | 0,008 | 0,008 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,680 | 0,629 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».