Solution Characterization and Initial Crystallization Studies of TrbB from the F Plasmi
Notice bibliographique
Résumé
Secretion systems, found across gram-negative and gram-positive bacteria, are large multi-protein complexes responsible for the transport of genetic material and proteins across phospholipid membranes, with dedicated systems in place for the secretion of virulence factors into host cells or the environment. One such pathway can be found in Gram-negative bacteria bearing conjugative F-like plasmids is known as the Type IV Secretion System (T4SSF). This system comprises multiple proteins responsible for cell proliferation, transport of virulence factors and antibiotic resistance genes through bacterial conjugation. Bacterial conjugation involves the assembly of a transmembrane conjugative pili for Gram negative bacteria bearing F-like plasmids, that is responsible for plasmid DNA transfer. TrbB is a periplasmic protein encoded by the F- plasmid transfer region (tra), with disulfide isomerase and reductase activity. TrbB is proposed to be involved in the assembly of the F-pilus and aid in protein folding for other T4SSF proteins. Previous studies of full-length TrbB indicated a dynamic N-terminal domain likely responsible for protein-protein interactions. In the current study, we present recent SEC-MALS-SAXS data and initial high-throughput crystallization trials of an N- terminally truncated TrbB construct (TrbB37-161). SAXS data indicates several species in solution (monomer, dimer, tetramer), and crystallization trials identify several promising leads for further optimization. Noting the important role of conjugation in the the spread of antibiotic resistance genes and TrbB’s role in assembly of the conjugative F-pilus, further structural investigation may lead to improved strategies for curtailing the spread of antibiotic resistant pathogens with multidrug resistance
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».