PoisotLab/SpeciesDistributionToolkit.jl: PseudoAbsences-v1.1.0
Notice bibliographique
Résumé
PseudoAbsences PseudoAbsences-v1.1.0 Diff since PseudoAbsences-v1.0.1 Merged pull requests: Download API for GBIF (#323) (@tpoisot) SDT new version with pseudo absences (#413) (@tpoisot) SimpleSDMPolygons (#417) (@gottacatchenall) Load and save occurrences from JSON files (#421) (@tpoisot) Default data and plotting for OccInt (#423) (@tpoisot) Remove occurrences plotting from SDT (#424) (@tpoisot) Fix the ways elements are collected from GBIFRecords (#425) (@tpoisot) semver(sdt): v1.6.0 with SimpleSDMPolygons (#427) (@gottacatchenall) Makie for layers (#428) (@tpoisot) SimpleSDMPolygons with re-exports from datasets (#429) (@tpoisot) SDMPolygons Makie.lines (#434) (@gottacatchenall) Phylopic v1 (#435) (@tpoisot) Polygons: Makie.lines a boundingbox (#437) (@gottacatchenall) GADM URL Typo (#440) (@gottacatchenall) SDMPolygons Makie extension supporting lines! and poly! without axis argument (#441) (@gottacatchenall) Release SDT post Phylopic 1 (#444) (@tpoisot) Fix various occint bugs (#447) (@tpoisot) Add bioregions from OneEarth (#448) (@tpoisot) Add bibliography to the documentation (#450) (@tpoisot) Fix GeoInterface implementation for (multi) polygons (#451) (@asinghvi17) OneEarth CSV Path Fix (#453) (@gottacatchenall) SimpleSDMPolygons docs + tests (#454) (@tpoisot) Replace MakieCore by Makie for the layers plotting extensions (#456) (@github-actions[bot]) Variable selection checkpointing issue fixed (#459) (@tpoisot) Iteration over occurrences (#461) (@tpoisot) Replace MakieCore by Makie in OccurrencesInterface (#464) (@tpoisot) Change plotting package for polygons to Makie (#467) (@tpoisot) Update plotting extension to Makie for Phylopic (#468) (@tpoisot) Doc updates pre CSEE workshop (#473) (@tpoisot) Fix masking of occurrences by feature collections (#478) (@tpoisot) Bug fixes for SimpleSDMPolygons (#482) (@tpoisot) Fix the bug when masking a layer by a featurecollection (#483) (@tpoisot) Fix some bugs in SimpleSDMPolygons (#487) (@tpoisot) Experiments with AdaBoost (#488) (@tpoisot) Adding operations to SimpleSDMPolygons (#490) (@gottacatchenall) Support Makie v0.24 in SimpleSDMLayers (#491) (@tpoisot) Add Phylopic dep for 0.24 (#492) (@tpoisot) Clipping Polygons w/ Bounding Boxes (#495) (@gottacatchenall) boundingbox for MultiPolygon hotfix (#496) (@gottacatchenall) Training and thresholding improvements for SDeMo (#498) (@tpoisot) Adding CRS to construct polygons (#500) (@gottacatchenall) Explict specification of delimiter to GBIF CSV.File (#501) (@jeetsukumaran) Update to make decision stubs actually work (#502) (@tpoisot) SDeMo: PCA and Logistic automatically apply a z-score (#514) (@tpoisot) Fix PCA bug (#515) (@tpoisot) Fix for decision stumps (#518) (@tpoisot) Calibration improvements (#519) (@tpoisot) SDeMo v1.6.1 (#524) (@tpoisot) Occurrences with missing coordinates are handled during boundingbox (#526) (@tpoisot) Add a function to use the distance in degrees to generate pseudo-absences (#527) (@tpoisot) Closed issues: Ecoregions (#49) MLJ integration (#83) Use the resolve endpoint to match GBIF (#181) Download API for GBIF (#308) Add a reclassify function (#407) New version using PseudoAbsences (#411) Cellsize was useful... (#416) CrossValidation type (#420) Move plotting function in SimpleSDMLayers (#422) Documentation update for OccurrencesInterface (#426) Phylopic v1 when? (#430) Add methods to do lines in addition to poly (#431) Some demo occurrences in OccurrencesInterface are wrong (#432) Boundingbox for SimpleSDMPolygons (#433) Typo in GADM url in SDMPolygons (#438) OneEarth ecoregions (#442) Indexing Polygons based on properties (#449) Can't tag new SimpleSDMPolygons release (#452) Support iteration for AbstractOccurrences (#460) Cannot mask occurrences by a feature collection (#476) Masking a layer with a FeatureCollection is not working (#477) Bugfixes for polygons (#479) Resolv should be Resolve (fix + alias for compatibility) (#480) EPA polygons (I think I know why) are not working (#481) Cleanup the reference section of the package (#484) EPA polygons are on the side (#485) First polygon plotted by Makie has the wrong attributes (#486) No boundinngbox method for multipolygons (#494) Improvements to model thresholding (#497) Clipped polygons cannot be used to mask layers (#499) bug in virtual species documentation (#511) vcat doesn't work for MultiPolygons (#512) Decision stumps make weird predictions (#517) Add weights to isotonic calibration (#521) Platt calibration is very slow (#522)
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,013 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,005 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,004 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,006 | 0,010 |
| Science ouverte | 0,007 | 0,008 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,495 | 0,590 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».