Additional file 3 of Metabolic modeling of microbial communities in the chicken ceca reveals a landscape of competition and co-operation
Notice bibliographique
Résumé
Supplementary Material 3. Supplementary Figure 3. Characteristics of 237 reconstructed MAGs. A-C. Boxplots showing beta-dispersion analysis results - the distances from each sample to the centroid of its respective group (HB or NB). Lower values indicate samples within that group are more similar to each other, while higher values indicate greater within-group variability. The significant differences in dispersion between HB and NB communities (particularly for reaction and pathway abundance) reveal that NB communities exhibit more variable metabolic profiles than HB communities, suggesting that Bacteroides presence may constrain metabolic variability. Distances were calculated from: (A) PCoA based on reaction content (top: Jaccard distances for presence/absence; bottom: Bray-Curtis dissimilarities for abundance-weighted data); (B) PCoA based on pathway content (top: Jaccard distances; bottom: Bray-Curtis dissimilarities); and (C) taxonomic composition at the family level. (). Significance determined using beta-dispersion (TukeyHSD) test. * - p-value < 0.05, ** - p-value <0.01, *** - p-value < 0.001. D. Major characteristics of 237 MAGs reconstructed in this study: completeness, contamination, N50 and genome size.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,750 | 0,187 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».