Wild-type cutoff values for standard broth microdilution antimicrobial susceptibility testing of Yersinia ruckeri isolates
Notice bibliographique
Résumé
Yersinia ruckeri is a Gram-negative bacterium that causes enteric redmouth disease. It commonly infects farmed salmonid fishes, often requiring antimicrobial treatment. Studies on antimicrobial susceptibility patterns of Y. ruckeri have found isolates with decreased susceptibility but have lacked internationally harmonized criteria, known as epidemiological cutoff values (ECVs), which provide consensus on identifying antimicrobial resistance. To address this need, we gathered minimal inhibitory concentration (MIC) testing data for 9 antimicrobials, generated at 22°C for 24-28 and/or 44-48 h using the standard broth microdilution testing method published by the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). The dataset includes MIC data from up to 431 isolates from 7 independent laboratories. Data for each antimicrobial were analyzed with the programs Normalized Resistance Interpretation (NRI) and ECOFFinder to compare the means and standard deviations for the 2 timepoints, and to calculate wild-type cutoff values. The parameters for the timepoints were very similar, which confirmed cutoffs were only needed for the 24-28 h incubation. The cutoff values for 8 of the 9 antimicrobials are potential ECVs that have been proposed to CLSI's Subcommittee on Veterinary Antimicrobial Susceptibility Testing. Calculated cutoffs for the final antimicrobial, erythromycin, were off-scale because the MIC values clustered at higher drug concentrations. The resulting new ECVs will be included in the next edition of the VET04 supplement, which will help clinicians and researchers advance antimicrobial resistance surveillance of this bacterium.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,012 | 0,032 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».