DNA sequencing of Hoary Marmot (M. caligata) stomach contents through metabarcoding
Notice bibliographique
Résumé
Mentor: Dr. Diana Wolf; This poster presents our results from using metabarcoding DNA to examine diets of alpine and coastal Hoary marmots. Hoary marmots (Marmota caligata) are herbivores distributed widely throughout alpine habitats from southern Washington, Idaho, and Montana north to the Yukon River in Central Alaska. In Southeast Alaska, however, they are also found at sea level. As the tree line rises in elevation in response to climate change, alpine habitats are expected to shrink. Most hoary marmots occupy alpine tundra and rocky talus. There is an ecological knowledge gap on the diet of M. caligata, including comparing diet at sea level with alpine forage. Determining diet is key to understanding hoary marmots’ ability to thrive on a changing landscape. Alpine-dwelling marmots are thought to feed on grasses, flowering plants, mosses, roots, and lichen. As of yet, we know nothing about the diet of beach-dwelling marmots. We used DNA sequencing (metabarcoding) of M. caligata stomach contents to identify and compare their diets in alpine and sea-level habitats. Our results will help to fill in critical knowledge gaps in hoary marmot ecology and address hoary marmots’ potential resilience to changing climate.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».