A study to investigate the mechanisms underlying circadian rhythm in asthma
Notice bibliographique
Résumé
Background: Time of day is critical in the pathogenesis of asthma, and has been realised for centuries. Symptoms of asthma are worse around 4am, when airway restriction is at its highest. Many asthma treatments are taken in the morning or evening, however there is increasing data that steroids are more efficacious if taken mid-afternoon. Investigating the biological timing of asthma is crucial to better understand the pathogenesis of asthma, this may lead to the discovery of new drug targets, and the identification of dynamic biomarkers that change by time of day and would be useful in a future chronotherapeutics study. <br/>Aims: <br/>• Define new biochemical pathways involved in the circadian variation in asthma<br/>• Determine a circadian biomarker in asthma<br/>Method: We recruited 10 atopic, moderately severe asthmatics and 10 healthy volunteers to complete 4 study visits, including an overnight stay. Blood, induced sputum and breath were sampled at intervals throughout the day and night, and physiological measurements made. PBMCs were harvested from peripheral blood at 4am and 4pm and plated in 6 groups, control, + LPS/anti-CD3/anti CD28, +P38i, +LPS/anti-CD3/anti CD28+ P381, + Dexamethasone, +LPS/anti-CD3/anti CD28+ dexamethasone for 2 hours. Conditioned medium was collected and frozen at -80, cell lysates were prepared for RNA extraction, and protein purification.<br/>REC reference: 14/NW/1352.<br/>Results: There is a high amplitude circadian change in FEV1 in asthmatics compared to healthy controls. The nadir is at 4am (figure 1). There was also an increase in sputum and serum eosinophils (a key effector cell in asthma) at 4am compared to 4pm in asthmatics (Figure1). <br/>On-going workflow includes: <br/>• Transcript measurement from PBMCs using a combination of RNA-Sequencing and nanostring technology (for clock genes; inflammatory mediators; Signalling regulators; MAP kinase family members)<br/>• Bioplex screen for expression and activation of additional MAPkinase components, and IkBa, from protein extracts and conditioned media<br/>• Lipidomic analyses of serial, matched serum samples will allow analysis of the ceramide/sphingolipid pathway<br/>• Breathomics analysis for volatile organic compounds in serial, matched breath samples.<br/>Discussion: We have demonstrated a significant diurnal effect on asthma lung physiology and eosinophil profiles. Further downstream analysis of serum, breath and sputum is underway.<br/>
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».