Mitten Impossible: investigating the use of environmental DNA (eDNA) as a detection tool for Chinese Mitten Crab Eriocheir sinensis
Notice bibliographique
Résumé
Invasive Alien Species (IAS) are considered a key threat to global biodiversity. Environmental DNA (eDNA) sampling has emerged as a valuable tool for IAS detection and surveillance. The Chinese Mitten Crab (Eriocheir sinensis) is a high-risk IAS that can tolerate both fresh and salt water due to its catadromous life cycle. The Marine Institute (Ireland) began testing for E. sinensis DNA when monitoring for possible vectors of crayfish plague. Several TaqMan assays have been trialled for detecting E. sinensis, two of which have been used successfully in other countries (Canada and Denmark). Whilst several live specimens have been caught in Waterford Harbour since 2006, no E. sinensis DNA has been detected in Irish waters to-date. To evaluate reasons for these negative results, research was undertaken to investigate if the salinity of water influences the eDNA shedding and persistence of this species. Sensitivity testing was carried out on the two species-specific assays currently used by the Marine Institute for E. sinensis detection. Shedding and decay rates were determined through a series of tank trials, whereby a single female Chinese Mitten crab was placed in a fresh or brackish water tank for a number of hours. Assay sensitivity was determined using synthetic target DNA (gBlock). We found that DNA shedding rate was six times higher in brackish than freshwaters (DNA shedding= 3.12x10-6 vs 6.42x10−7 DNA copies/μL/hour). eDNA decay exhibited expected exponential degradation at both salinities. Decay constants were 0.108hr-1 (brackish) and 0.045hr-1(fresh water). The Danish assay (Knudsen et al., (2019) was more sensitive than the Canadian (Chevrinais et al., (2023), with the ability to detect DNA concentration as low as 106.6 DNA copies/μL, in comparison to 192.5 DNA copies/μL. Our results indicate that salinity could affect eDNA detection of E. sinensis, with a higher chance of detection in brackish waters. The results of this study will be used to inform management of E. sinensis in Ireland, by indicating priority locations to sample (based on salinity) and maximise DNA amplification (by using Danish assay).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».