Insights into elasmobranchs ecology and baselines for their conservation
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Elasmobranchs are keystone species whose rapid decline has triggered ecological imbalances across marine ecosystems. Yet, the absence of robust historical baselines and habitat-wide perspectives continues to hinder effective conservation. This thesis addresses these gaps by integrating ecological surveys, environmental DNA (eDNA) metabarcoding, sedimentary ancient eDNA (sedaDNA), and digital PCR (dPCR) assays to reconstruct biodiversity trajectories and investigate ecological baselines for elasmobranchs across two contrasting tropical systems: the Red Sea and the Bahamas. In the Red Sea, where fishing pressure has historically been unmanaged, ecological surveys and integrated expedition data documented previously unreported depth ranges, behaviors, and shed light on species habitat use, while sedaDNA reconstructions revealed a century-scale decline in fish and elasmobranch diversity. These declines coincided with intensified coastal urbanization and fisheries expansion. Functional guild analysis highlighted the erosion of herbivorous and coral-dependent fishes, while species-specific dPCR assays confirmed the long-term decline of key shark species. In contrast, the Bahamas provided evidence of stable or increasing elasmobranch populations, reflecting the effectiveness of proactive management, including a 1993 ban on destructive fishing practices and the 2011 establishment of a national shark sanctuary. This comparison illustrates the decisive role of early policy interventions in preventing irreversible biodiversity losses. Methodological advances were another key contribution of this thesis. By optimizing eDNA metabarcoding protocols (sampling medium, replication, primer sets) and coupling eDNA metabarcoding with dPCR assays, we improved the accuracy of biodiversity detection and extended the temporal scope of reconstructions. Although absolute population abundances cannot be quantified with the methodologies currently available, molecular approaches provide unique access to sedimentary archives, allowing reconstruction of relative declines or recoveries and extending baselines prior to the advent of systematic fisheries records. Together, the findings advance our ability to meet the Kunming–Montreal Global Biodiversity Framework’s Goals A and B and Targets 4 and 5, by grounding conservation in reconstructed historical baselines and applying cutting-edge molecular tools. This thesis demonstrates that elasmobranch conservation success depends on timely action, robust baselines, and the integration of molecular techniques with standard survey methods that can be helpful in reconstructing past ecological baselines and tracking ongoing biodiversity trajectories.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».