Additional file 1 of Distinct roles of histone H2B ubiquitination at promoters and coding regions of Pol II-transcribed stress genes
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Fig. S1. Ubp8 or Ubp16 depletion confers long-lived phenotypes depending on Atf1 activity. Fig. S2. Alternative strategies to generate Ubp8 or Ubp16 depleted cells. Fig. S3-S4. Transcriptome landscape of DUB mutants showed up-regulated stress response. Fig. S5. ChIP-seq analysis of Rbp1-HA (Pol II) and phosphorylated Pol II at Ser2. Fig. S6. Mutations of H2B ubiquitination regulators affect tolerance to oxidative stress. Fig. S7. ChIP-seq analysis of Ubp8 and Ubp16. Fig. S8. Nucleosome eviction upon H2O2 treatment is more sustained in cells lacking DUBs. Fig. S9. Genetic interactions of H2Bub with chromatin remodelers, FACT, SAGA or COMPASS. Fig. S10. Chromatin remodelers, and histone marks writers genetically interact with DUBs function.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,012 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,863 | 0,220 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».