Structure Function Analysis of DNA Polymerase β and Discovery of Novel Interactors
Notice bibliographique
Résumé
Base excision repair (BER) is the primary pathway responsible for repairing base lesions—such as uracil, deaminated, alkylated, and oxidized bases—as well as abasic sites and single-strand breaks (SSBs). Several transcription factors act as BER auxiliary factors, stimulating the enzymatic activities of DNA glycosylases that recognize oxidized DNA bases. CUT domain proteins (CUX1, CUX2, and SATB1) enhance the glycosylase and AP-lyase activities of 8-oxoguanine DNA glycosylase 1 (OGG1), while the zinc-finger proteins BCL11A and BCL11B stimulate Endonuclease III-like protein 1 (NTHL1). A recent study on the MYC interactome identified uracil-DNA glycosylase (UNG) as a MYC interactor. Our lab confirmed the MYC–UNG interaction and its stimulation in vitro. In all cases, the accessory factors were found also to interact with the DNA polymerase β (Pol β) and stimulate its polymerase and deoxyribose phosphate (dRP)-lyase activities, ensuring completion of the repair process.Based on these observations, we hypothesize that each BER accessory factor must stimulate Pol β activity in addition to enhancing a specific glycosylase. This dual stimulation ensures completion of the BER process, particularly since glycosylase activity generates single-strand breaks, which are more cytotoxic than the original base lesions. If left unrepaired, these SSBs can stall transcription and be converted into double-strand breaks during replication, contributing to genomic instability.One part of my project was to prepare reagents to perform proximity-dependent biotinylation (BioID) for Pol β. I measured the enzymatic activities of Pol β fusion proteins with the TurboID and ultraID biotin ligases positioned at the N- or C-terminal end of Pol β, and I tested several mammalian vectors to express Pol β fusion proteins in the MDA-MB-231 and HCT-116 cancer cell lines that exhibit high levels of reactive oxygen species. Subcellular localisation and the biotin ligase activity of Pol β-ultraID fusion proteins were investigated. Following these validation assay, expression of the Pol β-ultraID and ultraID-Pol β fusion proteins was induced in MDA-MB-231 cells, biotin was added to the medium and protein extracts were prepare and sent for analysis by mass spectrometry. As controls, we also prepared extracts from cells expressing eGFP-ultraID and eGFP-ultraID-NLS. Using the BioID approach, we compiled a list of proteins that come into close proximity with Pol β in cells.In parallel, structure-function analysis identified the N-terminal 8-kDa domain of Pol β as the region responsible for the interaction with, and stimulation by, MYC and CUX1. We generated a Pol β mutant that is completely unresponsive to stimulation by MYC, and we successfully pinpointed the loop 4 alpha-helix on the Pol β surface as the site of interaction with MYC
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».