Phenotyping low phosphate responses of Eutrema salsugineum ecotypes and their recombinant inbred lines
Notice bibliographique
Résumé
Phosphorus, an essential nutrient for plants, is provided to crops in the form of phosphate containing fertilizers to maximize yield. Accessible rock phosphate deposits used in producing fertilizers are dwindling while harmful environmental impacts of increased fertilizer use and production grow, making it imperative to reduce our reliance on this nutrient. We study two ecotypes of Eutrema salsugineum, an extremophile crucifer related to the oilseed crop canola. The ecotype from Yukon, Canada, is tolerant to many abiotic stressors including low-phosphate while the ecotype from Shandong, China, is sensitive to low-phosphate. In this study we used 11 recombinant inbred lines (RILs) produced by crossing the two ecotypes to screen for their low-phosphate sensitivity. Seedlings were grown on agar with low (0 or 0.05 mM) or high (0.5 mM) phosphate and plants were grown up to 11 weeks in pots of soil-less media and fertilized with solutions lacking or supplemented with phosphate (0 or 2.5 mM). Seedling root architectural traits and root/shoot biomass were measured and plants in pots were analyzed by monitoring fluorescence parameters, leaf coverage and shoot biomass. Expression of Induced by Phosphate Starvation2 (IPS2) and five ecotype-specific genes were assessed for their utility as treatment and/or genotypic markers. Among root traits, primary root length was a reliable screening trait for identifying low-phosphate tolerant RILs while lateral root length or density gave inconsistent assignments. Non-photochemical quenching data suggests improved capacities to dissipate excess energy in phosphate-deprived plants, particularly Yukon plants, but further testing is needed given this unanticipated finding. IPS2 expression was a reliable bioindicator of low-phosphate exposure while the ecotype-specific genes proved too small a testing group to reveal meaningful patterns. Genome and transcriptome sequencing combined with a focused phenotype screen like primary root length offer a plausible path to identify genes underlying low-phosphate tolerance in plants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».