Assessing the diversity of freshwater bacteria and viruses
Notice bibliographique
Résumé
Microbial water communities are a complex consortium of bacteria, viruses and protozoa. These complex microbial and viral communities may contain pathogens that cannot be detected by conventional methods. Next-generation sequencing (NGS) offers the potential to exhaustively characterize all microbial and viral components of a given water sample and facilitates the identification and quantification of pathogens of interest. The goals of this thesis were to assess the dynamics and the diversity of freshwater bacterial and viral communities of the lower Great Lakes region and identify pathogenic bacterial and viral species. We first assessed the diversity of viral communities in six different beaches of Lake Ontario and Lake Erie, two of the largest freshwater reservoirs in North America. We employed a robust and routinely applicable approach that can provide a comprehensive analysis of bacterial and viral community composition. Our analysis suggests that the viral communities of the lower Great Lakes region are dominated by bacteriophages but also contained viruses of plants and animals. Exhaustive characterization of bacterial communities indicates that the bacterial community composition is highly diverse, and the diversity differs between recreational waters and beach sands. In addition, we identified sequences of pathogens that are not currently included in traditional water monitoring schemes in both recreational water and beach sand. To investigate the impact of spatiotemporal and environmental factors on the distribution of bacterial species, we employed a computational approach and our analysis suggests that dissolved oxygen (DO) level is strongly associated with bacterial community diversity. Using a computational approach, we have also identified habitat-specific bacterial species and a possible link between inter-connected habitats. The findings of this thesis aid in our understanding of bacterial and viral community diversity in recreational waters and provide useful information to water quality decision makers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».