Natural genetic transformation of the wheat rhizosphere microbial community through DNA inoculations
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Rhizosphere microorganisms are known to be able to modify the plant’s ability to resist abiotic stresses. It is, however, difficult to modify microbial communities to improve plant phenotypes. Here we tested if a rhizosphere microbial community from a water-stress naïve soil could be modified by adding DNA extracted from soils with a water stress history. Six-week-old wheat plants growing under low or high-water availabilities were inoculated with DNA extracted from soils with contrasting long-term histories of water availability – one continuously and the other intermittently exposed to water deficit. The fate of the inoculated DNA in the rhizosphere microbial communities was assessed by shotgun metagenomics. Putatively transferred inoculum genes were disproportionately found in the Acidobacteria and Bacteroidetes and belonged to functional category such as antibiotics, biofilm, and carboxylates metabolism, among others. These functional categories were shared by pre-inoculation laterally transferred genes in the recipient soil, highlighting their usefulness for life in soil. The “continuous” inoculum reduced the stress levels of wheat under reduced soil water content, suggesting that the natural genetic transformation of the rhizosphere community can feedback to the plant. Altogether, we are providing evidence for an ecological mechanism that could be harnessed to modify plant-associated microbial communities and help plants sustain water stress.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».