Data from: Climate niches structure a regional hybrid zone in <em>Sphagnum</em> (peatmoss, Bryophyta)
Notice bibliographique
Résumé
Premise: Hybridization is an important evolutionary process across all groups of embryophyte land plants, but relatively little is known about hybridization and introgression in spore producing plants with a dominant gametophyte life cycle stage (i.e., bryophytes). The Sphagnum magellanicum complex, with four North American species, is proving to be a valuable system for studying population genomics, speciation, and climate adaptation. This paper focuses on hybridization between the four species, with focus on a regional zone where virtually all plants in the two most recently diverged species (S. diabolicum, S. magniae) show genetic admixture. Methods: Analyses of population genetics and introgression utilized three types of molecular data: RADseq, “RADseq-like” data derived from in silico digestion of genome sequences, and species-specific barcode markers developed previously for this group. 582 gametophytes were sampled from 79 collecting sites representing 23 U.S. states and five Canadian provinces, from 27 o to 56o N. A range of analytical methods were employed: phylogeny reconstruction, STRUCTURE to assess individual genetic admixture, demographic modeling to estimate the timing and extent of interspecific gene flow, and comparative genomics to evaluate the occurrence and locations of introgressed SNPs. Results: Low but significant gene flow was detected among all pairwise combinations of extant species as well as between ancestral lineages and those species. Greater genetic similarities among species where they occur sympatrically within peatlands suggests that hybridization is on-going. Hybridization between S. diabolicum and S. magniae is especially pronounced and plants in a regional zone from North Carolina to New Jersey are genetically admixed. Demographic analyses all indicate that this admixture reflects hybridization, not just incomplete lineage sorting. Introgressed SNPs were detected across all chromosomes but introgressed SNPs fixed in genetically pure samples of the two species were concentrated on four autosomes: 2, 7, 14, and 19. Introgression block sizes and numbers were positively correlated with the level of genetic admixture. Patterns of genomic admixture/introgression were significantly correlated with climate variation across collection sites within the hybrid zone. Conclusions: Previous analyses indicated that climate adaptation has played an important role in speciation within this group, especially the divergence of warm-temperate to subtropical S. magniae from cold-temperate to boreal S. diabolicum. This work shows that the genomic structure of plants in a regional hybrid zone between S. magniae and S. diabolicum is also structured by climate adaptation and strengthens the value of this group for learning more about both speciation and climate adaptation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».