Validation of cellular barcoding enabled clonal tracking in Barrett's esophagus stem cell populations
Notice bibliographique
Résumé
Esophageal adenocarcinoma (EAC) is one of the deadliest cancers, with a five-year net survival rate of only 16% according to the Canadian Cancer Society. A key factor contributing to its high mortality is late-stage diagnosis. Barrett’s Esophagus (BE), an intestinal-type metaplasia arising in the distal esophagus in response to chronic inflammation, is a precursor lesion for EAC. Although the overall risk of progression from BE to EAC is low, it increases significantly following the development of high-grade dysplasia (HGD), a genetically unstable, precancerous dysplastic state. Currently, the detection of BE relies on endoscopic surveillance and histological assessment, and predicting which patients will progress to HGD before the phenotypic switch takes place is not possible. Beyond the classical oncogenic mutations (i.e. TP53, CDKN2A) which often precede catastrophic genomic events that drive progression, the genetic mutations that may initiate BE progression but are lost through to dysplasia, remain poorly characterized. The field of carcinogenesis is lacking a method by which to track clonal competition of BE stem cells in real time to identify potentially malignant clones before they drive phenotypic shifts. This project aims to develop and validate a method to uncover the clonal competition that drives clonal expansion of malignant clones in BE. To achieve this, we adapted a previously established DNA barcoding technology for use in our adult tissue resident stem cell (ASC) populations to track clonal competition in real time. To validate this tool’s ability to detect clones with a selective growth advantage, we introduced a faster-growing cell line carrying a known barcode sequence into a barcoded population of BE-ASCs. The faster-growing cell line could be informatically recovered, and sequencing data revealed clonal competition within BE-ASC populations, establishing an empirical basis to further explore the capability of this methodology to identify potentially malignant BE clones. This approach has the potential to identify previously unknown causative genes involved in BE progression, as well as improve early detection, and risk assessments of EAC; ultimately enabling the development of less invasive, cost-effective screening strategies for BE and improving the ability to detect high-risk individuals before the progression to cancer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».