Genomic structure and selection history across Angus populations worldwide: insights from ROH, selection mapping, and functional analyses
Notice bibliographique
Résumé
Angus cattle, originally from Scotland, have been selectively bred for over 400 years, making them one of the most prominent beef breeds globally. Known for their adaptability, natural polled traits, and high-quality beef, Angus cattle have been intensively selected for growth, body size, and feed efficiency. This study investigates the genetic diversity, selection history, and key genomic regions across five Angus populations from the USA, Canada, Australia, Brazil, and Red Angus of America. Genomic data from 71,283 animals born between 1961 and 2024 were analyzed using Principal Component Analysis (PCA), phylogenetic tree construction, and Runs of Homozygosity (ROH), with the Generation Proxy Selection Mapping (GPSM) approach used to assess selection history. Functional annotation identified candidate genes and pathways related to selection. Our analysis revealed both similarities and differences across populations. The PCA and FST metrics showed minimal differentiation between the American, Canadian, Australian, and Brazilian populations, with greater differentiation observed in the Red Angus population. The ROH analysis revealed that the Brazilian population had the highest number of ROHs. The ROH islands identified on BTA8 and BTA13 in the American and Australian populations were linked to traits like body weight, marbling, and tenderness. The GPSM identified significant markers associated with body weight and growth in all populations, reflecting ongoing selection pressures. This study highlights the potential of genomics to improve our understanding of Angus cattle's genetic architecture and selection history. It underscores the feasibility of integrating global populations for more accurate genomic evaluations, enhancing genetic predictions, and supporting sustainable beef production worldwide.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».