Influenza PA Substitutions and Genetic Diversity of A(H1N1)pdm09, A(H3N2), and B/Victoria Viruses in Japan During the 2023–2024 Season
Notice bibliographique
Résumé
We characterized influenza A(H1N1)pdm09, A(H3N2), and B/Victoria viruses circulating in Japan during 2023-2024, focusing on lineage placement relative to WHO-recommended vaccine strains and on baloxavir resistance (PA/I38T substitutions). We enrolled 210 outpatients with influenza-like illness across eight clinics in six prefectures (October 2023-September 2024). Of these, 209 had an analyzable pre-treatment respiratory specimen for RT-PCR; hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) genes were sequenced by next-generation sequencing (NGS). PA/I38T substitutions that confer baloxavir resistance were assessed by cycling-probe RT-PCR, Sanger sequencing, and NGS. HA phylogenies were constructed with global datasets and WHO vaccine reference strains. Of 209 pre-treatment specimens, 181 were influenza-positive (A(H1N1)pdm09 44.2%, A(H3N2) 37.6%, B/Victoria 18.2%); 51 follow-up specimens were collected ≈4-5 days after baloxavir or neuraminidase inhibitor therapy. HA phylogeny placed A(H1N1)pdm09 in clades 5a.2a/5a.2a.1 with predominance of subclade D.2. A(H3N2) clustered exclusively in clade 2a.3a.1 (J lineage, mostly J.1), indicating a mismatch with the season's A/Darwin/9/2021 vaccine component and supporting the subsequent J-lineage update. All B/Victoria genomes fell within V1A.3a.2 on a C.5 backbone (C.5.1 and C.5.7). No PA/I38T variant was detected in any pre-treatment specimen. Post-baloxavir, PA/I38T emerged in one A(H3N2) case (confirmed by all three methods) and in one B/Victoria case detected by NGS only (minority variant in a low-load sample). NA genes showed no substitutions associated with reduced susceptibility to laninamivir (e.g., E119A, G147E). During 2023-2024, A(H1N1)pdm09 and B/Victoria remained genetically aligned with their vaccine components, whereas A(H3N2) shifted to the J lineage, consistent with the 2024-2025 vaccine update. Although pre-treatment PA/I38T was absent, low-frequency on-therapy selection was observed, including a rare PA/I38T in influenza B/Victoria detected by NGS, suggesting the value of deep sequencing when viral loads are low. These integrated genomic-clinical data support vaccine strain realignment for H3N2 and continued monitoring of baloxavir resistance in outpatient care.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».