A 12S rDNA barcode reference library for Neotropical electric fishes (Teleostei, Gymnotiformes)
Notice bibliographique
Résumé
DNA barcodes are instrumental for identifying species from tissues and environmental samples. Metabarcoding-based assessments of biodiversity depend on taxonomically accurate barcode sequence libraries that can be queried to determine which species are present in a sample. The mitochondrial 12S ribosomal RNA gene has been shown to function as a robust barcode for differentiating taxa and identifying species using environmental DNA (eDNA), but complete 12S reference barcodes remain scarce in public databases. We assembled a library of 12S rDNA reference barcodes for 152 species of Neotropical electric fishes from the order Gymnotiformes (Teleostei: Ostariophysi). These fishes are an abundant and diverse component of Neotropical freshwater ecosystems, but are often difficult to collect through conventional sampling approaches because of their nocturnal activity and association with dense substrates or deep-water habitats. This makes eDNA metabarcoding an especially suitable approach for their detection. We compiled a dataset comprising all gymnotiform families, with most sequences covering almost the entire 12S gene. Across the gene and within two widely used 12S eDNA metabarcoding loci (MiFish and teleo), our sequences show sufficient interspecific divergence to discriminate the majority of knifefish species included in our analyses. This dataset therefore provides a valuable new set of resources for differentiating among gymnotiform species and identifying them in environmental DNA samples.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».