Low population penetrance of variants associated with inherited retinal degenerations
Notice bibliographique
Résumé
Inherited retinal degenerations (IRDs) are the leading cause of blindness in working-age adults and are thought to be monogenic with near-complete penetrance. However, traditional variant discovery based on phenotypic ascertainment may inflate penetrance estimates and obscure the true genotype-phenotype spectrum. We used large biobanks with linked genomic and clinical data to quantify the population-level penetrance of IRD-associated variants. We screened 317,964 All of Us (AoU) participants for loss-of-function or pathogenic IRD variants to curate a cohort with definite IRD-compatible genotypes. We defined three nested International Classification of Diseases (ICD)-9/10 code sets ("IRD," "retinopathy," and "screening") to derive lower- and upper-bound penetrance estimates via disease annotation frequencies (DAFs). Within a cohort of 481 AoU participants with definite IRD-compatible genotypes, DAFs ranged from 9.4% (IRD) to 28.1% (screening), which were enriched relative to the prevalence of the code sets in AoU (p < 0.001). For validation, we examined retinal imaging of UK Biobank (UKB) participants who shared variants with the AoU cohort. In the UKB, 16.1%-27.9% of participants with shared variants exhibited definite or possible IRD features, concordant with AoU estimates. Participant demographics, smoking, socioeconomic status, and comorbidities did not predict penetrance. These results show that the population penetrance of IRD-associated genotypes is markedly lower than traditionally assumed. This suggests that genetic or environmental modifiers are required to manifest disease and that IRD genotypes are more prevalent (0.7%-2.1%) than expected. These findings inform our understanding of the genetic causality of IRDs, impact the clinical use of genetic testing, and have implications for the development of therapies for IRDs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».