The RUMIGEN EpiChip: a versatile, medium density DNA methylation Beadchip for large scale population studies in cattle
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background DNA methylation contributes to the elaboration of phenotypes and is hypothesized to account for interindividual variations in farm animals. Currently, methodologies available to investigate DNA methylation in cattle rely on high throughput sequencing, which cannot be applied to large cohorts. To enable large scale DNA methylation analysis, we developed the RUMIGEN EpiChip, the first DNA methylation array specifically designed for cattle. Results Manufactured by Illumina, the EpiChip contains 43,317 CpG markers allowing analysis of phenotypes of agronomical interest as well as the study of regulatory processes. The assay design drew on data from numerous studies achieved by the scientific community, and includes CpGs where methylation varies with health status, physiological stage, fertility, and environmental challenges, as well as CpGs located in functional genomic elements (promoters, CTCF binding sites, expression quantitative trait loci). The technical performances of the EpiChip were tested on several semen and blood DNA samples and in two laboratories, showing excellent repeatability, accuracy and interoperability. Methylation values were also concordant with those obtained by reduced representation bisulfite sequencing. The EpiChip has demonstrated a good ability to explore biological processes such as genomic imprinting and differences between cell types, opening the possibility of inferring blood cell composition. Finally, analysis of longitudinal ear biopsies allowed accurate age prediction, suggesting the potential of the array to refine epigenetic clocks. Conclusions The RUMIGEN EpiChip is a cost-effective and versatile resource that opens new opportunities for the study of regulatory mechanisms underlying phenotypic variation and for large-scale association analyses in cattle.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».