Single‐nucleus transcriptomic and chromatin accessibility analysis of rat hippocampal cells following amyloid‐beta oligomers injections
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Alzheimer's disease (AD) is a neurodegenerative disease characterized primarily by the aggregation of amyloid-beta (Aß) oligomers and neurofibrillary tangles. Accumulation of Aß oligomers is detected 10 to 15 years before the appearance of the first clinical symptoms of AD. Studies have shown that Aß oligomers are involved in synaptic and neuronal losses observed in the hippocampus, a brain region critically involved in memory that is affected in the early stages of AD. Thus, we are interested to study the impact of Aß oligomers on the different cell types present in the hippocampus using a rat model via single-nucleus transcriptomic and chromatin accessibility profiling. METHOD: Aß oligomers were injected daily into the hippocampus for 0 (control), 2, 4 or 6 days. Subsequently, the brains were collected and flash freeze. Cells located directly under the injection site were cryosection at 50 micrometers then collected by laser microdissection. The nucleus was isolated, and we performed a transcriptomic and chromatin accessibility analysis simultaneously on each of these nucleus of neurons, astrocytes, oligodendrocytes, pericytes, endothelial cells and microglia, using the single nucleus RNA-sequencing and single nucleus ATAC-sequencing technics (10xGenomics). RESULT: Neuronal loss was observed at the granular layer of the dentate gyrus caused by Aß oligomers injection. Indeed, we observed a significant accumulation of Aß in rat's hippocampus which were consecutively injected with Aß 6 consecutive days, compared to 2 and 4 consecutive days of injection. The immunofluorescence's results with NeuN and GFAP showed a neuronal loss after repetitive injections. Moreover, our test sample's sequencing profiles identified different clusters with different interesting gene expression changes over time. CONCLUSION: This study will allow us to determine the gene expression and epigenetic changes induced specifically by Aß oligomers in each hippocampal cell type during the progression of Aß pathology. This could pave the way to find new therapeutic targets efficiently in the early stages of AD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».