Building a library of acute traumatic spinal cord injury images across Canada: a retrospective cohort study protocol
Notice bibliographique
Résumé
INTRODUCTION: MRI is increasingly recognised as a valuable tool for assessing prognosis and predicting outcomes following traumatic spinal cord injury (SCI). Several potential MRI biomarkers have been identified, but efforts are still needed to improve the accuracy and feasibility of these biomarkers in clinical practice. This study aims to build a national Canadian SCI imaging repository for storing and analysing imaging data for SCI, with the goal of improving SCI MRI biomarkers to predict outcomes and inform clinical management. METHOD AND ANALYSIS: As a substudy of the Rick Hansen SCI Registry (RHSCIR), this retrospective multisite study includes individuals who sustained a traumatic cervical SCI between 2015 and 2021, were previously enrolled in RHSCIR, and had MRI scans acquired within 72 hours of injury and before any surgical intervention. Individuals with a penetrating trauma and/or with any prior spine surgery are excluded. The study principal investigator and research associates, experienced with data curation and with the standardised format and specifications of the Brain Imaging Data Structure standard, guide the site's curator on the steps to perform image deidentification and curation to create standardised datasets across all sites. These datasets are transferred to a Digital Research Alliance of Canada ('the Alliance') server designated for this project and concatenated to form the national Canadian SCI imaging repository (Neurogitea). We are using a semiautomated processing pipeline to quantify lesion morphology, together with additional imaging measures that are manually extracted from the images (for instance, the relative maximal spinal cord compression and the maximum canal compromise). Through linkage to RHSCIR clinical and epidemiological data already available on eligible participants, regression analysis is planned to predict neurological outcomes at discharge, including the American Spinal Injury Association Impairment Scale grade, upper and lower extremity motor and sensory scores. ETHICS AND DISSEMINATION: This protocol has been submitted by the participating sites to obtain ethics and institutional approvals prior to the study initiation at each site. All 12 sites across Canada have now obtained ethics and institutional approvals. Study results will be disseminated at local, national and international conferences and by journal publications.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,014 | 0,027 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,009 | 0,010 |
| Études des sciences et des technologies | 0,008 | 0,003 |
| Communication savante | 0,005 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,028 | 0,007 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».