ADAPT: Atlas‐Driven Access to Postmortem Tissue
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The validity of research in Alzheimer's Disease and Related Dementias (ADRD) often depends upon the presence or distribution of pathology, assessable through biorepository tissue collected according to a brain sampling protocol (BSP). The digital BSP atlas is recently developed 3D representation of the University of Washington BioRepository and Integrated Neuropathology (BRaIN) protocol for fixed-tissue sampling on the Montreal Neurological Institute and International Consortium on Brain Mapping 2009b Nonlinear Asymmetric Brain Template (MNI2009b). Here, we link this atlas diverse neuroscience references to locate biorepository tissue samples using arbitrary neuroscience terminology. METHOD: Multiple established neuroscience atlases covering anatomy, nuclei, cytoarchitecture, functional connectivity networks, functional regions, and brain areas were registered to MNI2009b. For each atlas, the label, full name, and volume of each label in cubic millimeters within each sample from the BSP were stored in a PyMongo database. A R/Shiny web-enabled interface was developed to provide intuitive interactive exploration, volume queries, and text-based search. RESULT: ADAPT (Atlas-Driven Access to Postmortem Tissue) links the digital BSP atlas to a range of digital reference atlases spanning neuroscience attributes. Co-registration to MNI2009b allows for interactive visualization with freely available neuroimaging software (e.g. FSL, MRICroGL, FreeSurfer). The incorporation labels and full names for diverse atlases enables identifying brain tissue samples containing nearly any neuroscience term. CONCLUSION: onnecting the digital BSP atlas to an ecosystem of diverse neuroscience atlases provides a versatile, scalable, user-oriented, and explicit solution to characterizing and locating brain biorepository resources, optimizing their use for interdisciplinary ADRD research. Incorporating neuroinformatics conventions simplifies incorporating additional atlases and enables compatibility with freely-available tools for advanced analysis and visualization. The web-enabled interface facilitates the rapid identification of biorepository samples likely to contain tissue with specific neurosciences attribute along with an estimated volume, lowering the barrier for collaboration between scientists in many fields of AD research. ADAPT can also provide explicit criteria for the optimality of samples for guiding and assessing the precision & accuracy of neuropathological sampling.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,018 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,009 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,101 | 0,046 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».